比较心理学的另一项任务是在种内和种间阐明行为的根源并追踪其发展。行为在种内的发展是指行为的个体的发生和发展以及个体经验对行为发展的影响；行为在种间的发展是指行为的系统发展，也就是行为从一个发展水平到另一个发展水平的演化。研究行为的这两项任务是互相关联着的，只有完成这两项任务，比较心理学家才能总结和发展关于动物行为的一般理论，才能阐明和预见专门的事件和关系。
根据上述任务，现代比较心理学的研究课题主要有行为模式的研究、行为的个体发生的研究、行为机制的研究、动物学习的研究和行为进化历史的研究五个方面。
行为模式的研究侧重于行为模式的功能方面，也就是探索该模式对动物的生存和繁衍能力的作用。比较心理学家为了研究上的方便，把动物行为分成社会行为和非社会行为。社会行为包括群集关系，性关系、首领-随从关系、照料-依赖关系和互相照料关系等等；非社会行为包括睡眠、探究行为、游戏、定向行为、摄食和猎食行为、寻找隐蔽所和贮藏食物，以及排便和生殖行为等等。
行为的个体发生的研究是考察影响个体行为发展的诸因素。因为正是有机体的遗传因素和环境的交互作用才使行为得以产生，所以在研究行为起源时，既要强调遗传决定因素，也要强调环境影响因素。
行为在很大程度上决定于神经系统、内分泌系统、感知觉系统和有关的生理系统的活动。另一方面，这些系统的发展又是随行为的反馈作用而改变的。行为与生理系统之间的这种交互作用，就是比较心理学家需要探索的关于行为机制的重要领域。
动物学习的研究是比较心理学研究得最为广泛的一个方面。一切适于实验室条件的动物种类几乎都进行过学习实验，并形成多种关于学习的理论和流派。学习使个体行为获得比较持久性的改变，它对动物在个体发育中适应外界环境具有特别重要的意义。
